O governador Reinaldo Azambuja foi denunciado junto ao STJ (Superior Tribunal de Justiça), pelo MPF (Ministério Público Federal), juntamente com seu filho Rodrigo Souza e Silva, os irmãos Joesley e Wesley Batista, da JBS, e mais 21 pessoas, por corrupção ativa e passiva, lavagem de dinheiro e organização criminosa. Todos foram investigados no bojo da Operação Vostok, da Polícia Federal, que identificou o pagamento de R$ 67 milhões em propina ao tucano, entre 2015 e 2016, em troca de R$ 209 milhões em incentivos fiscais ao grupo. Para o MPF, o governador se valeu de sua posição para comandar a organização criminosa. A denúncia oferecida pela subprocuradora-geral da República Lindôra Araújo pede, além da condenação pelos crimes, a perda do cargo de Reinaldo e de todos os demais envolvidos que exercem funções públicas. Ainda, o MPF requer pagamento de R$ 277 milhões de indenização por danos morais coletivos.
A denúncia reúne provas obtidas nos desdobramentos da Vostok, bem como compartilhadas da Operação Lama Asfáltica, além de acordos de colaboração premiada celebrados pelos irmãos Batista e quebra dos sigilos telefônico e bancário dos agora denunciados. O esquema, segundo as investigações, teria começado ainda em 2014, quando Azambuja foi eleito governador pela primeira vez. Na ocasião, o tucano teria firmado compromisso de conceder isenções fiscais ao grupo JBS em troca de doações de campanha.
A partir da vitória nas urnas, o esquema foi estendido para os próximos anos. Ao invés de doações de campanha, a JBS passou a pagar a propina por meio da compra de “bois de papel”. Notas frias eram emitidas por pecuaristas e frigoríficos aliados ao já governador. No desenrolar da Vostok, o próprio Ministério da Agricultura atestou que o gado supostamente vendido ao grupo empresarial jamais havia sido movimentado. Ainda segundo a denúncia, o governador recebia remessas de propina em espécie. O filho do governador, Rodrigo Souza e Silva, seria o articulador da prática. Cruzados, dados bancários e registros telefônicos levantados pela Polícia Federal deram indícios de possíveis encontros para entrega dos malotes. O dinheiro era recolhido em São Paulo (SP) e no Rio de Janeiro (RJ), com suporte do pecuarista e empresário João Roberto Baird, outro denunciado. A Polícia Federal levantou R$ 12,1 milhões em propina movimentada em espécie para Reinaldo Azambuja.